Para quem busca um sistema de helpdesk por email e quer economizar o Teambox - The most complete collaboration solution pode ser uma ótima alternativa em comparação aos top do mercado como Desk.com, Zendesk.com e freshdesk.com .

O foco do Teambox não é helpdesk como os mencionados acima mas ele pode atender bem. Para empresas que trabalham com hospedagem e também desenvolvimento ai a coisa melhora, pois o mercado dele é gerenciamento de projetos.

Ele é gratuito para 5 usuários e até 5 projetos.
Muitas sugestões estão por vir vejam em Ideas and Suggestions: Hot (695 ideas)

Estive a pesquisar alguns similares mas os mesmos não oferecem suporte a comunicação por email como o
Teambox

* Asana
* Podio.com [completo, uma pena que não envia email por dentro da app]