Olá Pessoal,
Na maioria das vezes quando da erro interno de servidor e problema de permissão para isso basta alterar a permissão de arquivos pelo ssh faça da seguinte forma.

Acesse o SSH.
cd /home/USUARIO/public_html
chmod -R 644 *

Isso colcoará todos os conteúdos (arquivos, scripts e diretórios) com permissão 644. Agora basta executar a correção apenas para os direórios (colocando-os como 755):

find /home/USUARIO/public_html -type d -exec chmod 755 {} \;

Você trocar o USUARIO pelo login do cliente.