Olá Pessoal,
Segue um tutorial de como realizar backups direto pelo SSH.

1º) Acesse o SSH e digite o seguinte comando:
/scripts/cpbackup

2º) Caso queira realizar o backup apenas de uma conta use o comando abaixo:
/scripts/pkgacct LOGIN_DA_CONTA

3º) Caso queira executar o backup mais de uma vez ao dia voce tera de usar o comando abaixo:

/scripts/cpbackup --force

Qualquer dúvida estou a disposição